查干湖自然保护区是吉林省人民政府1986年批准成立的省级自然保护区。保护区面积为480平方公里,大部分在开发区境内。保护区核心区位于辛甸泡,泡内生满芦苇,是鸟类主要栖息场所;缓冲区位于查干湖夹芯子岛以北至辛甸泡水域;生产实验区位于新庙泡、库里泡、菱角泡和查干湖夹芯子岛以南水域。保护区内现有鸟类有15目34科116种,占全省鸟类总数的35.6%,其中水鸟有13科58种,占本区鸟类总种数的50%。属国家Ⅰ级保护的有白枕鹤、白头鹤、丹顶鹤等5种;属国家Ⅱ级保护的有白天鹅、雀鹰、灰鹤等12种。两栖类有1目3科4种,爬行类有2目3科4种,兽类4目9科22种。鱼类15科38种,主要有鲤、草、鲢、鳙、鲫、红鳍鮊鱼、青鱼、鲶鱼、黄颡、鳌花鱼、武昌鱼等。随着环境保护工作的不断开展,全区植树造林面积逐年增加,植被得到恢复,湖泊塌岸得到治理,鸟类数量也明显增加。中华秋沙鸭、白天鹅等国家级重点保护鸟类年年来保护区栖息和繁殖。
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